Balai Teknologi Lingkungan merupakan organisasi non organik mandiri yang dibentuk secara ”bertahap” sejalan dengan restrukturisasi organisasi BPPT, sebagai berikut:

1. 1990-1999: bernama Laboratorium Teknologi Lingkungan (LTL) yang berfungsi sebagai laboratorium pendukung kegiatan Biotechnology Indonesia Germany (BTIG) di Direktorat Teknologi Pemukiman dan Lingkungan Hidup (Dit. TPLH), yang secara administrasi berada dalam wilayah pembinaan Kedeputian Bidang Pengembangan Teknologi (BangTek)
2. 1999-2001: Direktorat TPLH diganti menjadi Direktorat Teknologi Lingkungan (DTL) dan Kedeputian Bidang BangTek menjadi Kedeputian Bidang Teknologi Informasi Energi dan Material (TIEM)
3. 2001-2004: nama direktorat di lingkungan BPPT menjadi PUSAT dan DTL menjadi Pusat Pengkajian dan Penerapan Teknologi Lingkungan (P3TL). Maret 2001 MenPAN menyetujui pembentukan Balai di lingkungan BPPT dengan No. 83/M.PAN/3/20011 dan LTL berubah status menjadi BTL berdasarkan keputusan Kepala BPPT No. 030/KP/KA/IV/2002.

Sebagai satuan kerja yang mandiri maka BTL menjalankan tugas pokok yang merupakan penajaman tugas pokok BPPT sesuai dengan bidang kompetensi lembaga yaitu :

Melaksanakan tugas penelitian, pengembangan serta penerapan teknologi di bidang remediasi lingkungan, konservasi lingkungan, dan analisis kualitas lingkungan”
 
serta memiliki visi :

Menjadi pusat pelayanan unggulan nasional di bidang teknologi perlindungan lingkungan”

dan mengemban misi :

Memberikan penyelesaian nyata kepada masyarakat (LSM dan swasta), pemerintah, dan industri (khususnya IKM dan UKM) dalam upaya perlindungan lingkungan melalui pengujian, konsultasi teknis, pelatihan, pengkajian, dan penerapan teknologi